Reflü atipik belirtileri, reflü mide asidi ve mide içeriğinin yemek borusuna kaçmasıyla ortaya çıkar. Bu bazen normal yani sağlıklı kişilerde de az miktarda olabilir. Fakat oldukça fazla rahatsız edici olduğu kadar, kişinin yaşam kalitesini düşürücü etkide yapar. Reflünün en fazla görülen belirtisi yanma şikâyetidir. Bu belirti yemek sonrasında midenin üst tarafından yukarıya doğru yani yemek borusuna doğru hissedilen yanma hissidir. Bazen ağrıyla karışık hissedilebilir. Reflünün diğer önemli belirtisi ise ağza acı ve ekşi sıvıların gelmesidir. Bu belirtilerin bir arada olması ya da birinin görülmesi halinde reflü hastalığının tanısı konulabilir. Bu belirtiler bazen geceleri bile uykudan uyandıracak kadar şiddetli olabilir. Kişide yutma zorluğunun olması da reflünün bi etkisidir. Bu belirtiler reflü için tipik belirtiler olarak tanımlanır. Bu belirtilerin dışında reflünün atipik belirtileri de olabilir. Bu belirtilerin tipik belirtiler olmadan görülmesi halinde, reflü tanısı konulması oldukça güç olur.

Reflü sorunu olan kişilerde görülebilen atipik belirtiler arasında göğüs ağrısının olması, sabahları daha fazla etkili olan ses kısıklığının olması, boğazı tahriş edecek derecede kuru öksürük olması, boğazda gıcık olması yer alır. Bu belirtilerin görüldüğü hastalarda, öncelikle bu şikâyetleri yapabilecek diğer hastalıkların dışlanması gerekir. Yani hastada göğüs ağrısı varsa, her şeyden önce hastada olabilecek kalp hastalıklarının araştırılması gerekir. Ses kısıklığı sorunu olanlarda, kuru öksürüğü olanlarda kulak burun boğaz muayenesi yapılmalıdır. İleri yaşta olan kişilerde ortaya çıkan astım rahatsızlığında da mutlak reflü hastalığı dikkate alınmalıdır. Bu reflünün atipik belirtileri içinde olabilir.

Reflü hastalığının teşhisi genellikle şikâyetler sayesinde kolayca konur. Hastalarda başka tetkike gerek kalmaz. Fakat belirtilerin orta yaşın üzerindeki kişilerde olması, atipik belirtilerin ortaya çıkmış olması, kilo kaybının, yutma güçlüğünün olması, kansızlık ve kanama gibi belirtilerin olması halinde mutlaka tetkiklerin yapılması gerekir.